业界知名的PEAKS de novo 是PEAKS软件的核心，可以不依赖于数据库高效地进行全自动的肽段序列预测。

在串联质谱计中，肽沿着肽骨架被碎裂，测量得到的碎片离子产生ms/ms光谱。根据所采用的碎裂方法，可以产生不同的碎片离子类型。新的肽序列是从质谱中得到的氨基酸序列，不需要序列数据库。这与另一种流行的肽段鉴定方法--“数据库搜索”形成了鲜明对比，即在给定的数据库中搜索最大的肽。当序列数据库不可用时，新肽测序是唯一的选择。这使得峰成为识别未测序生物中新的肽和蛋白质的首选方法。

PEAKS de novo产品特点
• 高通量、自动化的从头测序
• 精确的算法，提供de novo结果可信度打分
• 与database search整合
• 支持CID、HCD、ETD/ECD 、EThcD、UVPD

精确度
PEAKS使用了一套复杂的打分系统来对于de novo的肽段序列结果的准确性进行打分评估。对于PEAKS而言，Local Confidence Score是组合成肽段时每一个氨基酸分配的准确性的唯一标准。Local confidence score将精确度扩展到氨基酸水平，下图所示，TLCDEFKADEK是一个高置信度的序列标签，并且有显著性的碎片离子证据。

互补的碎片离子
碎片离子对的使用：de novo从头测序使用由不同的碎裂方式（例如ETD/HCD）产生的成对的谱图。每个互补的谱图产生置信度de novo序列标签用来重构一个肽序列，并两个谱图进行优化。

分别用不同的谱图进行测序（优化前）	使用互补的谱图进行测序(优化后)

与Database Search整合
PEAKS的独特之处在于结合多肽de novo测序结果与数据库检索结果的能力。多肽de novo序列与蛋白质数据库条目比对，以提供关于PTM、突变、同源多肽和全新肽段的附加信息。

从多肽de novo测序到蛋白序列组装测序
蛋白质的序列可以由多肽的de novo测序结果中获得。拥有直接的谱图碎片离子证据的可靠的de novo多肽序列标签，可以组装为蛋白质序列。详见PEAKS AB软件。