相比基因组,蛋白质组是一个动态的概念,更容易受到环境因素的影响而发生动态变化。因此,蛋白质组的变化与疾病状态和细胞生理病理过程的关系更加密切。液相色谱质谱联用(LC-MS)技术是目前蛋白质组分析的主流技术。经典蛋白组学的质谱分析路线概括为:蛋白酶解及质谱检测。不同类型的质谱,分析能力各不相同。带有MS/MS碎裂功能的质谱能够通过记录一条多肽产生的一系列碎片离子,进而提供出结构信息。通常液相色谱与质谱联用(LC-MS),首先液相色谱将混合肽段进行分离,分离后的肽段离子化后,进入质谱仪,进行质荷比(m/z) 检测。质谱对肽段的检测通常包括一级 (MS)、二级 (MS/MS) 和三级质谱 (MS3) 检测等方式。
PEAKS是由加拿大BSI公司开发的基于bottom up技术路线的蛋白质组学质谱数据的一站式软件分析平台。其中行业标准的蛋白质从头测序de novo算法,广泛应用于蛋白质组学、抗体药物的研究。
能够完整地进行从数据转化到蛋白鉴定及定量,翻译后修饰及序列突变,最终进行结果验证、可视化以及报告的分析流程。
Database search PTM search Sequence variant and mutation search Spectral library search • 复杂样品中的蛋白定量 非标记定量Label free标记定量:TMT(MS2、MS3)/iTRAQ,SILAC,18O,ICAT,用户自定义定量方法 定量结果可以通过热图、相关性视图和提取离子色谱图(XICs)来可视化。 • 数据、谱图库和结果直观地可视化界面 内容详尽且交互友好的图形用户界面(GUI)用于查看、筛选和验证结果谱图库查看器可以帮助用户在使用之前进行质控和验证谱图库 计算结果的统计信息以图表的形式展现,以便用户对原始数据或者结果进行质控 LC-MS/MS热图提供肽段特征峰、MS/MS谱图及其荷质比(m/z)的注释,保留时间(RT)、补偿电压(CV)、离子迁移率(1/ko)和信号强度的完整可视化。 • 仪器中立的最新质谱方法的解决方案 支持离子淌度(ion mobility)质谱产生的蛋白质组学数据分析(timsTOF Pro,FAIMS,HDMSe) 算法为每种仪器和碎片类型进行微调,以确保最佳的准确性和灵敏度 全面支持DDA、DIA数据的鉴定、定量分析 |
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Thermo FAIMS DDA data analysed with PEAKS DB Search
Bruker timsTOF diaPASEF data analysed with PEAKS LIB Search
软件的蛋白结果视图中,可呈现复杂样品的蛋白谱。对于每一个蛋白,对鉴定到的多肽信息软件以覆盖率图表的形式直观地进行展示。对于在coverage视图中所有谱图匹配到的多肽均可相应地显示其谱图,并且在谱图对离子对进行自动注释。使用peak传统的de novo辅助数据库搜索的方法,用户可以很容易地看到蓝色的与理论序列数据库匹配的多肽序列,而灰色条表示de novo的序列标签可以关联到理论序列但不完全一致的结果。关于蛋白组数据的搜库方法详情,参见PEAKS DB Search部分。
Bruker timsTOF ddaPASEF data analysed with PEAKS DB Search
多肽视图提供所有鉴定到的多肽的列表,并且对于每条多肽也基于MS1对其相对丰度进行半定量的展示。对于修饰形式的多肽,以Ascore打分体系对修饰位点的置信度进行评估,关于修饰的详细信息参见PEAKS
PTM模块。
PEAKS Studio添加的定量模块PEAKS Q,PEAKS studio可以结合蛋白定性分析结果,对一组实验中的各个样品间,蛋白质的相对丰度差异进行定量和相应的统计学分析,以及定量结果的可视化展示。例如用统计学分析工具得到的两组间的高差异表达蛋白(如差异倍数>2,FDR<0.01),并以热图格式显示。
Quantification view
PEAKS Studio采用最新的PEAKS Xpro算法进行所有的分析,包括数据上传/优化,鉴定以及定量 • 整合了数据库搜索和de novo sequencing的方法,扩展了蛋白质组的分析深度。 • 解决嵌合谱图解谱问题,提高了多肽鉴定的效率。 B. 快速、准确、易于使用的谱图库搜索流程 • 支持DIA,SWATH,diaPASEF,FAIMS-DIA谱图库搜索• 谱图库编辑和查看器兼容PEAKS的谱图库,OpenMS,文本文件类型谱图库等第三方格式 • 对于谱图库搜索可以进行非标记或标记定量的后续分析
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关于de novo sequence算法能为你的研究带来什么优势,可以在产品模块de novo中了解详情。
产品功能模块
de novo sequencing
PEAKS DB
PTM
SPIDER
inChorus
PEAKS Q
用户可以根据实验室数据的产出量和分析需求购买不同的license。
Desktop——调用CPU的16个线程运行,最多可达16个核心
Workstation——调用CPU的32个线程运行,最多可达32个核心
最低配置要求
支持Windows 32 bit或64 bit操作系统
Intel 四核处理器
Intel 16 GB RAM
Intel 安装路径至少1GB以上空间
推荐配置
Windows 64 bit操作系统,Win7以上
Intel Intel i7/i9/Xeon 16线程以上处理器
32 GB RAM 以上或 CPU核心数×2 GB
大容量硬盘有助保存分析产生数据