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探索未知蛋白质组学的全新利器!

新版本亮点:

对DIA,FAMIS DIA,SWATH和diaPASEF数据的谱图库搜索算法进行了优化
谱图库查看器可以用于查看PEAKS和第三方软件产生的谱图库,便于对谱图库确证
优化算法使LFQ和SILAC定量的缺失值最小化,提高灵敏度和准确度。
PEAKS Studio和PEAKS Online之间的算法一致性 (包括 de novo, database, spectral library, PTM, SPIDER, LFQ, TMT, and SILAC)


蛋白质组学技术的发展需要样品制备,分离技术,质谱仪器和数据分析。因此,开发并优化软件工具以支持当今的新技术和方法十分重要。在PEAKS 软件的开发公司BSI的目标是在最新版本的PEAKS Studio和PEAKS Online平台上为大家提供能够适应日益更新的蛋白质组学技术发展需求的解决方案。

通过对离子淌度质谱的算法优化,以及对DDA和DIA数据采集模式的全面支持,PEAKS Xpro 利用基于MS的蛋白质组学的发展,并为您的实验室的LC-MS/MS数据分析提供一个全面的、一体化的解决方案。从de novo辅助数据库搜索到全新优化的谱图库搜索,PEAKS Xpro是发现蛋白质组学新的超能利器!

全面支持离子淌度质谱数据

通过PEAKS Xpro 的PEAKS IMS功能模块最大化地利用离子淌度质谱数据。PEAKS IMS模块采用4D 特征峰对齐算法,在最大限度的动态范围内对肽段进行定性与定量分析,以提供对复杂生物样品的深入分析。更重要的是,IMS信息被用于特征峰检测,以提高精度和增加母离子的分辨率,解决重叠的母离子以及二级嵌合谱图的解析问题。

PEAKS Xpro的用户图形界面(GUI)提供了多种数据可视化交互方式,以帮助对IMS-MS数据的分析。通过GUI,用户能够通过离子迁移率级别的数据(例如CV和CCS信息)来解析通过传统质谱无法分辨的离子。


此外,可以进一步利用4D IMS-MS的信息来提高定量研究的准确性。使用PEAKS Xpro, PEAKS Q模块将包含4D水平信息用于非标记定量和标记定量方法。用户还可以通过将PEAKS Xpro算法的PEAKS Online分析平台进行大规模的定量研究。在一个综合分析项目中完成所有数据的完整分析,使用户将能够对全局有一个全面的理解。

在全新的PEAKS X pro中,用户可以通过优化的PEAKS谱图库搜索方法对4D DIA数据进行分析(FAIMS DIA, diaPASEF)。

DIAFAMIS DIASWATHdiaPASEF数据的谱图库搜索算法进行了优化

在PEAKS Xpro中通过搜索谱图库,可以在DDA和DIA数据集中产生可重复的、准确的已知肽段的鉴定。优化的PEAKS Xpro的谱图库搜索算法使用m/z、强度值、归一化的保留时间和离子淌度率值(PEAKS IMS模块提供CCS/CV值)这些信息用于DDA和DIA光谱库搜索。通过精确的FDR评估,用户可以在不牺牲DDA和DIA分析的准确性的前提下,在每个数据集中鉴定到更多的多肽。谱图库搜索功能整合到现有的PEAKS 软件中,可以使得用户在一个软件工具中实现从构建谱图库到通过谱图库进行搜索的整个分析工作流程。

PEAKS产生的谱图库是一个信息完整的数据库,不仅包含匹配到肽段碎片的谱峰,也包含和肽段不匹配的谱峰,RT和IMS信息,以及所相关的数据库蛋白。通过生成综合谱图库,PEAKS的谱图库搜索将利用这些信息来提高搜索的性能。在生成谱图库后,可以使用PEAKS Studio Xpro谱图库查看器的图表统计信息进行质量控制和验证。

使用PEAKS Xpro的谱图库搜索你可以获得一个快速,准确和易于使用的解决方案来分析您的DIA, FAIMS DIA, SWATH和diaPASEF数据。谱图库搜索是筛选已知肽/蛋白样品的一个很好的方法;提高单细胞蛋白质组学以及其他低丰度数据的分析灵敏度。对于大规模的蛋白质组学研究项目,PEAKS Online Xpro是提供高通量、可扩展平台的最佳解决方案,该平台不仅能够处理更大的数据队列,而且能够准确、高效地进行分析。

在新的鉴定工作流中,用户可以对他们的数据进行定量分析。在下面的示例中,从PXD002952获得的SWATH数据集,由2个样本组成,每个样本有3个重复。样品由3种不同的蛋白质组组成,它们以不同的比例(人类1:1,酵母2:1,大肠杆菌1:4)掺入。使用PEAKS Xpro,先进行谱图库搜索,然后进行序列数据库搜索,最后进行LFQ定量评估。使用LFQ结果节点提供的新的Density-Ratio图,用户可以很容易地可视化组与组之间的实际比率。


谱图库查看器可以用于查看PEAKS和第三方软件产生的谱图库

通过谱图库查看器来查看、评估谱图库的核心信息,并对您正在使用的谱图库的属性获得重要的洞见。有了详细的表格和谱图库的交互式视图,您可以验证谱图库,并轻松地进行必要的更改,以确保高质量的肽段谱图库用于您的所有搜索。


谱图库查看器配备了一些统计分析方法对谱图库的质量进行评估和验证。肽段列表包括所有谱图库条目以及与每个条目关联的重要细节信息,如肽段序列,PTMs, m/z, z,归一化的保留时间,离子迁移率值。在肽表中选择一个条目将显示注释的肽谱、肽段详细信息和与肽相关的离子列表。

谱图库查看器兼容PEAKS_LB,OpenMS_LB,文本格式谱图库等格式,供用户可以轻松使用PEAKS对第三方谱图库进行可视化。

优化算法使LFQSILAC定量的缺失值最小化

全新的PEAKS Xpro具有第二轮特征谱峰检测和对齐方法,以最大限度地利用生物学和/或技术重复的定量研究信息。和ID-transfer技术减少因数据依赖采集(DDA)的随机性和在数据非依赖型采集模式(DIA)中利用基于谱图库的肽段鉴定方法而产生的定量深度有限的问题,造成的假性缺失值的数量。

在PEAKS Xpro中, 用户可以看到PEAKS 在不同的ms run之间进行ID-transfer后的效果,LFQ和SILAC分析的缺失值下降。


在每一个MS run开始和结束阶段,RT往往是高度变化的,对于较大的RT偏移如果采用固定的保留时间对齐窗口,可能会给RT检测带来问题。为了解决这个问题,PEAKS Xpro配备了RT自动检测功能,以优化特征峰的检测和对齐,提供准确的定量分析工具。

PEAKS StudioPEAKS Online同步化应用PEAKS Xpro算法

PEAKS Studio和PEAKS Online提供类似的解决方案,并在从头测序、数据库搜索、谱图库搜索、PTM、Spider、TMT、SILAC和LFQ共享相同的可靠算法。使用相同的核心功能,能够预见到来自两个产品类似的数据分析解决方案,并可以专注于协调软件,为您的团队提供最佳的计算解决方案和用户体验。



PEAKS Studio Xpro是能够进行精细定性和定量分析的综合软件。凭借直观且易于使用的设计,PEAKS Studio提供了从各个角度评估数据的工具。可以轻松地从谱图跳转到匹配的多肽以及蛋白,以验证您的结果。了解更多关于PEAKS Studio的多功能和强大性能,了解如何执行从头测序和谱图库搜索到精确定量分析的一切工作。

PEAKS Xpro是一个高性能,多用户解决方案以加速LC-MS/MS分析。PEAKS Online是一个高通量的软件解决方案,旨在支持大规模的蛋白质组学研究,它不仅易于使用和快速,而且对DDA和DIA的数据全面提供高精度的支持。在线了解更多PEAKS Online信息,了解如何执行从标准项目到大队列临床蛋白质组学研究的所有鉴定和定量分析。



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