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PEAKS Studio ——兼容DDA&DIA方法,探索蛋白质组的完整解决方案

相比基因组,蛋白质组是一个动态的概念,更容易受到环境因素的影响而发生动态变化。因此,蛋白质组的变化与疾病状态和细胞生理病理过程的关系更加密切。液相色谱质谱联用(LC-MS)技术是目前蛋白质组分析的主流技术。经典蛋白组学的质谱分析路线概括为:蛋白酶解及质谱检测。不同类型的质谱,分析能力各不相同。带有MS/MS碎裂功能的质谱能够通过记录一条多肽产生的一系列碎片离子,进而提供出结构信息。通常液相色谱与质谱联用(LC-MS),首先液相色谱将混合肽段进行分离,分离后的肽段离子化后,进入质谱仪,进行质荷比(m/z) 检测。质谱对肽段的检测通常包括一级 (MS)、二级 (MS/MS) 和三级质谱 (MS3) 检测等方式。

PEAKS是由加拿大BSI公司开发的基于bottom up技术路线的蛋白质组学质谱数据的一站式软件分析平台。其中行业标准的蛋白质从头测序de novo算法,广泛应用于蛋白质组学、抗体药物的研究。

能够完整地进行从数据转化到蛋白鉴定及定量,翻译后修饰及序列突变,最终进行结果验证、可视化以及报告的分析流程。



软件功能核心

多肽/蛋白鉴定
de novo sequencing
Database search
PTM search
Sequence variant and mutation search
复杂样品中的蛋白定量
非标记定量Label free
标记定量:TMT(MS2、MS3)/iTRAQ,SILAC,18O,ICAT,用户自定义定量方法                           
支持的碎裂模式:CID, HCD, ETD/ECD, EThcD, IRMPD, and UVPD
支持DDA、DIA以及离子淌度(ion mobility)数据分析

         软件特点

           清晰明了的project work flow
           出色的分析结果可视化界面
           高效的特征谱峰检测算法
           自动的定量统计分析
           PEAKS PTM去除可变修饰数目限制
           PEKAS SPIDER寻找序列突变
           突出的蛋白鉴定灵敏度和准确率


软件结果视图总览

PEAKS studio软件用于LC-MS/MS数据分析,以及根据实验设计的统计学分析。在基于MS/MS 谱图鉴定得到多肽之后,多肽序列的结果用于推断样品中蛋白的组成。
PEAKS X 是基于肽段特征峰(feature)进行分析的。特征谱峰列表列出了从lc-ms中检测到的所有多肽特征峰,以及通过数据库搜索或de novo sequencing得到的肽段鉴定信息。每一个feature都可链接到蛋白结果视图、质谱的二级谱视图以及LC-MS视图,便于结果的检查。

Feature view

软件的蛋白结果视图中,可呈现复杂样品的蛋白谱。对于每一个蛋白,对鉴定到的多肽信息软件以覆盖率图表的形式直观地进行展示。对于在coverage视图中所有谱图匹配到的多肽均可相应地显示其谱图,并且在谱图对离子对进行自动注释。关于蛋白组数据的搜库方法详情,参见PEAKS DB Search部分。

Protein view 多肽视图提供所有鉴定到的多肽的列表,并且对于每条多肽也基于MS1对其相对丰度进行半定量的展示。对于修饰形式的多肽,以A score打分体系对修饰位点的置信度进行评估,关于修饰的详细信息参见PEAKS PTM模块

Peptide view PEAKS Studio添加的定量模块PEAKS Q,PEAKS studio可以结合蛋白定性分析结果,对一组实验中的各个样品间,蛋白质的相对丰度差异进行定量和相应的统计学分析,以及定量结果的可视化展示。例如用统计学分析工具得到的两组间的高差异表达蛋白(如差异倍数>2,FDR<0.01),并以热图格式显示。

Quantification view

软件算法


1. 基于特征峰检测的定性工作流能够提高鉴定灵敏度,并且使多肽鉴定效率达到最大化: 同时支持DDA和DIA两种不同的数据采集模式,提高了重现性。 整合了数据库搜索和de novo sequencing的方法,扩展了蛋白质组的分析深度。 解决嵌合谱图解谱问题,提高了多肽鉴定的效率。

关于de novo sequence算法能为你的研究带来什么优势,可以在产品模块de novo中了解详情。



2. 保留时间校正以及特征峰识别算法帮助基于信号强度的定量方法最大程度减少缺失值的存在。


产品功能模块

de novo sequencing PEAKS DB search PEAKS PTM PEAKS SPIDER PEAKS SL search PEAKS Q


license 类型


用户可以根据实验室数据的产出量和分析需求购买不同的license。

Desktop——调用CPU的16个线程运行,最多可达16个核心
Workstation——调用CPU的32个线程运行,最多可达32个核心

可选模块:PEAKS Q(定量),PEAKS IMS(离子淌度数据支持)


运行配置

最低配置要求

支持Windows 32 bit或64 bit操作系统

Intel 四核处理器

Intel 16 GB RAM

Intel 安装路径至少1GB以上空间

推荐配置

Windows 64 bit操作系统,Win7以上

Intel Intel i7/i9/Xeon 16线程以上处理器

32 GB RAM 以上或 CPU核心数×2 GB

大容量硬盘有助保存分析产生数据




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